La segunda etapa es la de la colonia, cuando han sometido y dominado a las comunidades indígenas, las han puesto   bajo su servicio y explotación, y disponen del control político y de las actividades económicas. Durante la etapa de la conquista realizan viajes de exploración y de penetración de territorios y actividades  de enfrentamientos para la dominación de las culturas indígenas. Un día como hoy,  6 de mayo de 1541 se le otorgó al conquistador Diego Gutiérrez el derecho a entrar por la boca del desaguadero, del actual Río San Juan, poblar y repartir, en la costa de ambas partes del Desaguadero, surgiendo desde entonces los derechos de Costa Rica en el río, límite de la Gobernación de Costa Rica.